La Parroquia Puerto Murialdo cuenta con dos ríos navegables, el río Napo y Suno, que son aprovechados de transporte fluvial para actividades de turismo y extracción de productos agrícolas. Las canoas a motor fuera de borda son las más comunes para transportar los productos de la zona y personas, mientras los botes se utilizan para transporte rápido.

Además, dentro del territorio existen también ríos pequeños, riachuelos y quebradas que atraviesan por los asentamientos humanos y que desembocan a los ríos Napo y Suno, a la vez este segundo tiene afluencia en el rio Napo.